蘋果矮化樹與喬化樹的優(yōu)劣差異；
（1）組織結(jié)構(gòu)的差異：
矮化砧蘋果苗或短枝型品種，根系皮層發(fā)達(dá)，而木質(zhì)部細(xì)小，導(dǎo)管少而細(xì)，皮層與木質(zhì)部的比率（根皮率）明顯增大。同時(shí)木質(zhì)部組織射線和薄壁細(xì)胞等活組織的含量較高，韌皮部中的篩管小且少。矮化砧蘋果樹苗根系的根毛粗而短，吸收能力較低。這些組織構(gòu)造上的差異，一方面影響了根系吸收的水分和無(wú)機(jī)鹽類向地上部的供應(yīng)，限制地上部的生長(zhǎng)；另一方面影響地上部光合產(chǎn)物向根系輸送，限制了根系生長(zhǎng)和吸收功能，又反過來(lái)影響地上部的生長(zhǎng)。
（2）光能利用率的差異：
矮化蘋果樹，特別是利用矮化砧的矮化蘋果樹苗，葉片較厚，柵欄組織發(fā)達(dá)，單位葉面積內(nèi)的葉綠素較多，凈二氧化碳吸收率高，光合作用較強(qiáng)，單位面積所具有的相同重量的葉片所積累的光合產(chǎn)物，明顯高于喬砧蘋果樹，而呼吸和蒸騰強(qiáng)度低于喬砧樹，因而有利于營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的積累，有利于花芽分化，并獲得早產(chǎn)高產(chǎn)。
（3）樹體營(yíng)養(yǎng)分配上的差異：
矮化蘋果樹生長(zhǎng)季內(nèi)樹體營(yíng)養(yǎng)水平與晚秋的貯藏營(yíng)養(yǎng)水平，顯著高于喬砧稀植蘋果樹。矮砧蘋果樹的氨態(tài)氮、糖、淀粉、鉀含量均高于稀植蘋果樹，所以有利于花芽的形成。
矮砧蘋果樹光合產(chǎn)物較少消耗于枝干營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)。從樹體內(nèi)干物質(zhì)分配情況來(lái)看，喬砧稀植果樹果實(shí)和枝干中分配的干物質(zhì)大體相等；而矮砧密植蘋果樹，果實(shí)中干物質(zhì)量比枝干中干物質(zhì)量多5倍以上。這說(shuō)明矮砧密植蘋果樹光合作用形成的同化物質(zhì)，大量輸送于果實(shí)生長(zhǎng)，消耗于枝干營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)較少，所以矮化密植樹生產(chǎn)效率比喬化稀植樹高。
（4）生長(zhǎng)抑制物質(zhì)含量的差異：
嫁接在矮化砧木上的蘋果苗品種，其脫落酸的含量較高，而赤霉素的含量較低，并且矮化砧中脫落酸的含量與矮化程度呈正相關(guān)，極矮化砧、矮化砧和半矮化砧蘋果樹脫落酸的含量分別為喬化砧的5倍、3倍和2倍。脫落酸是生長(zhǎng)抑制物質(zhì)，能抑制細(xì)胞分裂和伸長(zhǎng)，從而抑制枝梢的生長(zhǎng)和根的分根，使樹體矮化。
（5）相關(guān)酶含量及活性的差異：
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